От 1700 г. Русия е във война с Швеция за достъп до Балтийско море. До лятото на 1703 г. земите в устието на Нева са били отвоювани и за да бъдат защитени от шведските нападения, е било необходимо да се закрепи тук. Превзетата крепост Ниеншанс е счетена за недостатъчно подходяща за това и място за нова крепост е избрано на остров Йенисаари (от фински – Харе), откъдето ясно се виждат входовете към клоновете на Нева от Финския залив.
(16) На 27 май 1703 г. Петър I полага основите на крепост на Заешкия остров, която става град Санкт Петербург – първото руско пристанище на Балтийско море. Градът е кръстен в чест на апостол Петър. Строителството е ръководено от А. Меншиков , най-близкият помощник на царя. Смята се, че чертежът на тази първа земна крепост принадлежи на самия Петър I, а математическото изчисление на плана е извършено от френския фортификатор Ламбер.
Крепостта е построена от войници, пленени шведи и крепостни селяни, изпратени от всяка провинция. Строежът на дървено-земната крепост е завършен през октомври 1703 г. Това събитие е отбелязано както в Москва, така и по бреговете на Нева. След тежко наводнение обаче част от земните укрепления са разрушени. Следователно, до средата на 18 век крепостта е била „облечена“ в камък.
Историята на живота на града започва с историята на създаването на крепостта. Първоначално крепостта се е наричала Санкт Петербург, но е имало и друго име – Петър и Павел – на името на катедралата „Петър и Павел“, разположена в центъра на крепостта. От 1917 г. е установен като официален. По време на Октомврийската революция крепостта става полеви щаб на Петроградския военно-революционен комитет, който ръководи въстанието и превземането на Зимния дворец.
През 1924 г. в крепостта е открит музей, а от 1993 г. Петропавловската крепост е обявена за исторически и културен резерват. Бастионите на крепостта са кръстени в чест на Петър I и неговите най-близки сътрудници, които лично са ръководили строителството им: бастионите Государев, Меншиков, Головкин, Зотов, Трубецкой и Наришкин.
Единният архитектурен ансамбъл включва: катедралата „Петър и Павел“; отбранителни структури; Лодкарницата, в която се помещава точно копие на лодката на Петър I, „Дядото на руския флот“; сградата на Монетния двор и др. Казематите на Трубецкой бастион, където са били държани особено важни държавни престъпници от времето на Петър Велики, а по-късно – изолаторът на Тайната къща на Алексеевския равелин, също стават територия на музея.
Всеки ден от бастиона Наришкин се чува обеден изстрел с оръдие, а всяка година на 27 май Петропавловската крепост става място на тържествено честване на Деня на град Санкт Петербург .
