Джонатан Суифт е роден на 30 ноември 1667 г. в Дъблин, син на държавен служител. Баща му умира преди раждането му и Джонатан е отгледан от чичо си Годуин.
След училище завършва Тринити Колидж към Университета в Дъблин. Две години по-късно заминава за Англия и служи като секретар на дипломата Уилям Темпъл, помагайки му да подготви мемоарите си.
Още тогава литературният талант на Суифт става очевиден – той започва да пише поезия. Суифт работи за Темпъл до смъртта на дипломата, като само за кратко напуска покровителя си в началото на 1690-те. През този период Суифт завършва Оксфорд и става свещеник.
През 1696 г. той започва да пише притчите „Приказката за една вана“ и „Битката на книгите“, както и анонимни сатирични памфлети. След смъртта на Темпъл, неспособен да си намери друга работа, той става свещеник в църквата „Свети Патрик“ в Дъблин. През 1702 г. получава докторска степен по теология. Две години по-късно публикува първите си разкази-притчи, но анонимно. Книгата има незабавен успех.
През 1713 г. Суифт става декан на катедралата „Свети Патрик“ и се включва активно в политическия живот на Ирландия, застъпвайки се за независимостта на страната от Англия. В произведението си „Писмата на платненика“ Суифт призовава за бойкот на английските стоки.
Книгата е публикувана анонимно, което помага на Суифт да избегне наказание и гнева на Лондон. Джонатан Суифт става неофициален герой и лидер на Ирландия.
Приблизително по това време писателят започва да пише „Пътешествията на Гъливер“, която ще бъде публикувана през 1726 г. – отново под псевдоним. Въпреки цензурата, книгата става популярна и е превеждана и препечатвана многократно. Днес произведението се смята за класика и е адаптирано в множество филми.
Интересното е, че именно Суифт е измислил думите „лилипут“ и „яху“ в „Пътешествията на Гъливер“. Тук авторът споменава и спътниците на Марс, които всъщност са открити едва век по-късно.
През 1729 г. Суифт е удостоен със званието почетен гражданин на Дъблин. В по-късните си години Суифт страда от тежко психично заболяване. През 1742 г., след инсулт, той губи говора си и някои от умствените си способности, поради което е обявен за некомпетентен.
Три години по-късно, на 19 октомври 1745 г., Джонатан Суифт умира в Дъблин.
