Социално-политическата и военна организация на украинските казаци, Запорожката Сеч, дълго време поддържаше относителна автономия в Руската империя, тъй като играеше важна роля във войните й с Турция и Крим.
След обединението на Украйна с Русия (1654 г.) привилегиите, с които се ползват други руски казашки войски, се разширяват и до Запорожие. Запорожките казаци защитаваха южните граници на Русия, но в същото време приютяваха бегълци, укриващи се в Сеч от преследване от царските власти.
Правителството на Екатерина II е принудено да толерира казашките свободни хора, докато се нуждаят от тяхната помощ, за да се борят с турците и татарите. Въпреки това, след победата в Руско-турската война от 1768-1774 г., царското правителство вече няма нужда да запазва Сеч. Освен това, по време на Селската война от 1773-1775 г., когато въстаническата армия на Емелян Пугачов се противопостави на режима на Екатерина II , в Запорожие избухнаха антиправителствени вълнения.
В резултат на това, след победата на царизма над „Пугачевщината“, манифестът на Екатерина II от (3) 14 август 1775 г. „За унищожаването на Запорожката Сеч и включването й в Новоросийската губерния“, Запорожката Сеч е ликвидирана .
Земите на казаците започват да се раздават на руски и украински земевладелци, а местното население е поробено или превърнато в държавни селяни. Много казаци бягат в турска Добруджа, където основават Отвъддунавската сеч и са на служба при султана.
През 1787 г. Черноморската казашка армия е сформирана от бивши казаци, останали под руско поданство и живеещи близо до турската граница на Южен Буг. Но през 1792–1793 г., след нови победи на Русия над Турция, неговите войски са преселени в Северен Кавказ, където възникват кубанските казаци.
